Le deuxième et le troisième siècles furent des périodes de persécutions. Certaines prières eucharistiques de cette période nous sont parvenues, comme celles qui se trouvent dans la Didaché des douze apôtres et dans la Tradition apostolique de saint Hyppolite. Il semble qu’il y avait alors encore une relative liberté dans la formulation des prières liturgiques. C’est ainsi qu’il est écrit dans la Didaché. « A ceux qui ont le charisme de prophétie, permettez de rendre grâce autant qu’ils le veulent. » Quant à saint Justin, il dit que le célébrant, « selon sa force, élève des prières et des actions de grâce ».

Le début de cette période coïncide avec la séparation définitive entre l’Eucharistie et les agapes. L’Eglise passe de l’époque des apôtres, des maîtres charismatiques et des prophètes, qui rendaient visite aux différentes Eglises locales, à celle des pasteurs permanents. La synaxe eucharistique avait lieu le matin au lieu du soir, sur les tombes des martyrs. Durant les dernières années du premier siècle, l’hymne de victoire — le Sanctus — fut ajouté à la liturgie.

Dans la Didaché des douze apôtres, qui fut écrite vers l’an 100 après Jésus- Christ, nous trouvons les premières prières liturgiques :

« Au sujet de l’Eucharistie, rendez grâce ainsi, d’abord, en ce qui concerne le calice : Nous Te rendons grâce, notre Père, pour la sainte vigne de David Ton serviteur, que Tu nous as fait connaître par Jésus Ton enfant; à Toi soit la gloire dans les siècles. En ce qui concerne la fraction (du pain) : Nous Te rendons grâce, notre Père, pour la vie et la connaissance, que Tu nous as données par Jésus Ton enfant; à Toi soit la gloire dans les siècles. Comme ce pain rompu d’abord dispersé sur les montagnes a été recueilli pour devenir un, qu ainsi Ton Eglise soit rassemblée des extrémités de la Terre dans Ton Royaume. Car à Toi est la gloire et la puissance par Jésus-Christ dans les siècles. »

La Didaché poursuit en mentionnant certaines phrases qui constituaient probablement un dialogue entre le célébrant et le peuple :

Le célébrant : Que vienne la grâce (autre variante : que vienne le Christ) et que passe ce monde.

Le peuple : Hosanna au Dieu de David.

Le célébrant : Si quelqu’un est saint, qu’il vienne; que si quelqu’un ne Test point, qu’il se repente Maranatha (c’est-à-dire « le Seigneur vient »).

Le peuple : Amen.

Saint Justin, dans sa Première apologie (écrite vers 150 après Jésus-Christ), nous donne deux schémas de la divine liturgie. La synaxe eucharistique commence par les lectures de la Sainte Ecriture, et ensuite le célébrant enseigne les fidèles. Suivent les prières en assemblée, le baiser de paix, l’offrande du pain et du vin ainsi que les prières élevées par le célébrant. Le peuple prononce Amen, et c’est alors « que ceux qui sont présents partagent les Dons eucharistiques». Ils sont distribués aux absents par les diacres. Saint Justin se réfère également à l’invocation du Saint-Esprit, qu’il appelle « prière du Verbe ».

Saint Ignace d’Antioche (martyrisé vers 113 après Jésus-Christ) et saint Irénée de Lyon (140-202) évoquent moins la forme des prières, mais s’étendent plus sur la théologie du Mystère. Saint Irénée de Lyon appelle la sainte anaphore « invocation de Dieu » ou « parole de Dieu».

Dans la Tradition apostolique de saint Hippolyte (écrite vers 217), nous avons le dialogue suivant entre le célébrant et le peuple :

Le célébrant : Que le Seigneur soit avec vous tous.

Le peuple : Et avec ton esprit.

Le célébrant : Élevez vos cœurs.

Le peuple : Nous les avons vers le Seigneur. Le célébrant : Rendons grâce au Seigneur.

Le peuple : Il est digne et juste.

Ensuite commence la sainte anaphore :

« Nous Te rendons grâce, ô Dieu, par Ton enfant bien-aimé Jésus-Christ, que Tu nous as envoyé dans les derniers temps comme sauveur et libérateur et comme ange de Ton conseil (…), qui, après avoir été livré, souffrit volontairement (…), prenant le pain, rendit grâce et dit: “Prenez, mangez, ceci est mon Corps, qui est rompu pour vous.” Il prit de même le calice et dit : “Ceci est mon sang, versé pour vous ; chaque fois que vous ferez ceci, vous le ferez en ma mémoire.”»

« Faisant ainsi mémoire de Sa mort et de Sa résurrection, nous T’offrons le pain et le calice en Te rendant grâce (…). Et nous T’implorons de faire descendre Ton Saint-Esprit sur l’oblation de la sainte Église. En les rassemblant, accorde à tous ceux qui participent aux saints [Dons] [qu’ils puissent participer] à la plénitude du Saint-Esprit pour l’affermissement de leur foi dans la vérité, afin que nous Te louions et Te glorifions par Ton Enfant Jésus-Christ, par qui à Toi soient gloire et honneur au Père et au Fils avec le Saint-Esprit dans Ta sainte Église, et maintenant et toujours et dans les siècles des siècles. Amen. »

Dans l’anaphore de la Tradition apostolique, on distingue déjà clairement le dialogue, les paroles du Christ, l’anamnèse et l’invocation du Saint-Esprit (l’épiclèse).